Siostry od początku przeczuwały, że ten zryw patriotyczny zakończy się tragedią stolicy. Jak wszyscy mieszkańcy stolicy były przygotowane na wybuch powstania, a jednocześnie nim zaskoczone, gdyż w ciągu ostatnich przedpowstańczych dni Komenda Główna kilkakrotnie zmieniała decyzję.
W pierwszych dniach powstańcy na Starówce odnieśli znaczne sukcesy, ale szybko doszło do kontrataku wroga. Powstanie zarysowywało się coraz krwawiej. Położenie klasztoru umożliwiało łączność między Starówką a Rybakami, gdzie przebiegał front, dlatego delegacja powstańcza zwróciła się z prośbą o otwarcie bram klasztoru. Ówczesna przeorysza, m. Janina Byszewska, nie zawahała się przed otwarciem klauzury, nie przerwanej dotąd od początku istnienia klasztoru, i wyraziła zgodę. Pojawili się powstańcy, a łączniczki nieustannie przebiegały przez klasztor i ogród. Nie uszło to uwadze nieprzyjaciela i spowodowało wzmożony ostrzał.
Od 6 sierpnia życie zeszło do piwnic, gdzie tłumnie ściągnęła też okoliczna ludność oraz uciekinierzy z Woli. Siostry przyjmowały wszystkich otwartym sercem, oddawały przybyszom cały zapas żywności, z narażeniem życia przynosiły wodę i przygotowywały posiłki. 10 sierpnia dowództwo zwróciło się do sakramentek z prośbą o przyjęcie szpitala. I znów cały klasztor wraz z kuchnią i apteczką był do dyspozycji lekarzy, sanitariuszek, rannych. W rozmównicach klasztornych urządzono salę operacyjną, uruchomiono punkt krwiodawstwa. Rannych wciąż przybywało i mimo zdwojonej ostrożności nie udało się ukryć przed Niemcami istnienia szpitala. Ich zajadłość sięgnęła wówczas zenitu.
12 sierpnia Niemcy rozpoczęli morderczy atak na Starówkę – wspomina s. Michaela Walicka. – Od strony Wisły nieprzyjaciel skierował nękający ostrzał artyleryjski, eskadry samolotów zrzucały bomby burzące i zapalające, a z przelatujących nisko samolotów lotnicy strzelali do ludności z karabinów maszynowych. Ogromnych spustoszeń dokonały moździerze, czyli “krowy”, gdyż siła podmuchu była tak wielka, że wśród tumanów kurzu osuwały się całe ściany domów. Na naszych oczach ginęły zabytkowe mury Starego Miasta.
Pożary wybuchające w różnych miejscach klasztoru usiłowano gasić. W tej sytuacji szpital ewakuowano do podziemi kościoła. Nie na długo. Tego samego dnia o zmierzchu jeden z pocisków ugodził w wieżyczkę wieńczącą kopułę kościoła i ta się zapaliła. Groziło runięcie jej na posadzkę i zawalenie podziemi – to zdecydowało o likwidacji szpitala. Rannych ewakuowano do szpitali polowych przy ul. Długiej i Kilińskiego.
Kopuła kościoła płonęła, a niszczenie zabudowań klasztornych postępowało w zawrotnym tempie. Wśród wstrząsów i huków waliły się kolejne budynki, rozszerzał się ogień od bomb zapalających. Podziemia klasztorne wciąż groziły zawaleniem, toteż podjęto próbę szukania innego schronu. Po tygodniowej tułaczce, nie mogąc znaleźć bezpiecznego miejsca, siostry powróciły na gruzy swego klasztoru, chroniąc się podczas nalotów wraz z mnóstwem ludzi w krypcie kościoła.
I tak zbliżał się dzień 31 sierpnia. A siostry na widok upadającego powstania, ogromu cierpień i zła wymagającego ekspiacji, naglone wewnętrznym nakazem, z pełną świadomością ważności uczynionego aktu, za zgodą przeoryszy ofiarowywały swoje życie Bogu jako dar zadość czyniący i wynagradzający, z prośbą, by ich ofiara wyjednała miłosierdzie dla ojczyzny. Aby Polska, gdy powstanie, nie była ani biała, ani czerwona, ale Chrystusowa – jak sformułowała jedna z sióstr intencję, w jakiej składała swoje życie w ofierze.
Istniała możliwość uratowania życia. Niemcy stawiali ultimatum: albo przejście na ich stronę, albo bombardowanie. Siostry zwróciły się do polskiego dowództwa, które stacjonowało w pobliskim parafialnym kościele Panny Marii, prosząc o decyzję w tej sprawie. Odpowiedź była jednoznaczna: “Byłoby to całkowitym załamaniem dla naszych żołnierzy, gdyby kapłani i zakonnice na czele ludności cywilnej opuścili swe posterunki, przechodząc do nieprzyjaciela.” Siostry zostały.
31 sierpnia, godzina 15 – to termin wyznaczony przez niemieckie ultimatum. Ale oddajmy tu głos kronikarce klasztornej – jednej z nielicznych sióstr, które tę godzinę 15 przeżyły:
31 sierpnia 1944 r., czwartek – dzień ustanowienia Eucharystii. Jak zwykle o godzinie trzeciej po południu odmawiałyśmy nieszpory. Krążące samoloty nie stanowiły przeszkody. Mimo spadających bomb rozpoczęłyśmy potem modlitwę wieczorną, zwaną kompletą:
” Pod cieniem skrzydeł Twoich osłoń nas, Panie”
Potem modlitwa:
“Nawiedźˇ, prosimy Panie, dom ten a błogosławieństwo Twoje niech zawsze będzie z nami”.
Słowa płynęły z głębi serc, serc, które biły już właściwie niebiańskim rytmem. Na zakończenie antyfona “Witaj, Królowo” Czyż mogła być piękniejsza modlitwa przygotowująca na śmierć?
“Przeto Orędowniczko nasza, one miłosierne oczy Twoje ku nam zwróć, a Jezusa po tym wygnaniu racz nam okazać.”
Samoloty przycichły. Siostry w głębokim skupieniu otoczyły tabernakulum. Zapanowała cisza. Cisza nie przerwana jednym szeptem, jednym nawet wypowiedzianym słowem modlitwy. Cisza pełna powagi śmierci. Cisza, która po tym pełnym zgiełku, wrzawy, huku okresie, był przygotowaniem do tej wiekuistej ciszy niebieskiej. Cisza pełna oczekiwania. I nagle straszliwy huk, ciemność, krzyk ludzki i wołanie komendanta: “Spokojnie, Państwo, to tylko filar!”
Pomylił się jednak komendant. Nie był to filar, ale całe sklepienie kościoła runęło, grzebiąc pod gruzami zgromadzone dokoła Najśw. Sakramentu mniszki i około tysiąca osób cywilnych. W tym samym czasie zawaliły się też piwnice klasztorne, w których było czterech księży, reszta osób cywilnych i sióstr.
Wieczór i noc upłynęły na akcji ratunkowej. Siostry, którym udało się wydobyć z gruzów, zorganizowały pomoc dla uwięzionych w ocalałej piwnicy pod chórem zakonnym mniszek. Rankiem 1 września garstka sióstr, które przeżyły bombardowanie, opuszczała gruzy. Kronikarka zanotowała: Powstańcy, wstrząśnięci naszym nieszczęściem, wszyscy salutowali.
Następnego dnia Niemcy jeszcze raz zbombardowali kościół, co zmierzało już tylko do całkowitego zrujnowania tego historycznego zabytku, gdyż nie stanowił on już przecież ani schronu, ani punktu oporu. 2 września ustała też akcja powstańcza na Starówce.
14 listopada 1974r. Ks. Kard. Prymas Wyszyński poświęcił wzniesiony w kościele pomnik ku czci poległych pod gruzami kościoła i klasztoru. W każdą rocznicę ich śmierci, odprawiana jest Msza św.